Eine strukturierte Magen-Darm-Sanierung verfolgt das Ziel, pathogene Keime zu regulieren, die Darmflora zu stärken und die Schleimhautbarriere zu regenerieren. Der Prozess erfolgt idealerweise in drei aufeinander abgestimmten Phasen und erstreckt sich je nach Ausgangslage über 8–12 Wochen, bei chronischen Beschwerden auch 3–6 Monate, um Rückfälle zu vermeiden. Ein weiterer wichtiger Aspekt der Magen-Darm-Sanierung ist die Optimierung der Ernährung. Eine ausgewogene, ballaststoffreiche Kost mit ausreichendem Gehalt an fermentierten Lebensmitteln und präbiotischen Ballaststoffen fördert nicht nur das Wachstum nützlicher Darmbakterien, sondern stärkt auch das Immunsystem.